Сегодня провожу live-coding семинар про основы батч-коррекции в биоинформатике.
Мы начинаем новый формат! Open Code — никаких слайдов, только данные и дискуссия, только live-коддинг. 🤟
Первая тема — batch-эффект в экспрессионных данных.
Он проявляется тогда, когда клетки группируются не по типам, а по тому, из какого образца они пришли.Из-за этого искажаются результаты кластеризации, определения типов клеток и реконструкции траекторий.
Но не всякая разница — batch-эффект. Иногда отличия между образцами действительно отражают биологическую реальность — например, в случае опухолевых клеток.
Разберемся в этом вместе с нашим постоянным спикером — Ильей Воронцовым, преподавателем первого модуля курса «Классические методы машинного обучения». Илья более 10 лет преподает машинное обучение и анализ данных, занимается биоинформатикой в области транскрипционной регуляции в ИОГен РАН, Alma mater: МФТИ.
📅 Сегодня в 19:00
Подключайтесь, чтобы первыми увидеть, как бороться с batch-эффектом на практике**.
✅ Не успеваете на эфир? Оставьте ваши контакты по ссылке — мы пришлем запись вебинара и ноутбук с готовым кодом.
Курс “Машинное обучение в биологии и биомедицине” | OpenBio.Edu — подписывайтесь!
Вчерашний семинар по биоинформатике прошёл успешно, хоть я и сильно переживал. Только тайминг, конечно, поехал. Не знаю, чем я думал, когда сказал, что за час расскажу про батч-эффект с live-coding’ом.
Когда меня спросили, про что бы я рассказал на семинаре перед курсом по ML в биологии, я подумал, что нехорошо будет рассказывать про то, что я и так рассказал уже в основном курсе. И поэтому предложил клёвую тему… в которой сам на тот момент не разбирался. Поэтому последние две недели я стрессовал (и готовился, конечно).
Есть классическая преподавательская дилемма: рассказывать про то, в чём хорошо разбираешься, либо про то, в чём пока не шаришь.
Первое мне обычно не интересно. А второе — этакая зона рискованного преподавания. Стрессово, что можешь не оправдать ожидания. Но интересно, да и прокачивает неслабо.
На любой из вариантов можно прицепить звёздочку, делающую занятие более увлекательным для меня: рассказать нестандартным способом.
Ну вот, рассказал про батч-эффект нестандартно.
Вместо того, чтобы рассказывать, как от него избавляться, мы учились его для начала вносить: «Чтобы продать что-нибудь ненужное, надо сначала купить что-нибудь ненужное». Ну и заодно говорили про отладку алгоритмов при помощи симулированных данных.
Впрочем, есть у меня и хорошо отлаженные курсы. Вот один такой стартует в ближайший понедельник, 3-го ноября. «Машинное обучение в биологии и биомедицине».
В этот раз он есть в двух вариантах:
— Мой модуль про классические методы ML в биологии, отдельно от последующих.
— Полный курс. Там и про классические методы, и про нейросетки (в основном Computer Vision), и про работу с разношёрстными омиксными данными. Это пять модулей.
Если соберётесь на какой-то из этих курсов, не стесняйтесь воспользоваться промокодом ILYA35 (на 35%). Можете попробовать ещё промокод ILYA100, вдруг сработает ¯_(ツ)_/¯